Namun, KPK kemudian mengumumkan telah menerbitkan surat perintah penyidikan (Sprindik) umum untuk mengusut dugaan korupsi tersebut. Hingga kini, KPK belum menetapkan pihak-pihak yang menjadi tersangka.
Dalam proses penyidikan, KPK setidaknya telah menggeledah tiga lokasi di lingkungan Pemkab Bogor. Ketiga lokasi tersebut yakni Kantor Badan Pengelolaan Pendapatan Daerah (Bappenda), Kantor Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia (BKPSDM), serta Kantor Dinas Pendidikan Kabupaten Bogor.
Penyidik masih mendalami rangkaian praktik pemotongan upah pungut tersebut, termasuk pihak-pihak yang terlibat dan besaran uang yang diduga dikumpulkan.