Sebelumnya, RAT telah ditetapkan sebagai tersangka atas dugaan menerima gratifikasi dari beberapa wajib pajak terkait pengondisian hasil pemeriksaan perpajakannya.
RAT diduga memiliki beberapa perusahaan, salah satunya PT Artha Mega Ekadhana (AME), yang bergerak dalam bidang konsultasi pembukuan dan perpajakan.
Penyidik KPK telah menemukan bukti bahwa Rafael diduga menerima aliran uang sebesar 90.000 dolar Amerika Serikat melalui PT AME.
KPK juga telah menyita berbagai aset milik Rafael Alun Trisambodo yang tersebar di Solo, Yogyakarta, dan Jakarta. Aset-aset yang disita meliputi mobil, sepeda motor besar (moge), rumah mewah, kost-kostan, dan kontrakan.