Ustaz Maaher ditangkap oleh Bareskrim di rumahnya kawasan Bogor Kamis (3/12/2020) pukul 04.00 WIB. Ustaz Maaher ditangkap dan ditetapkan tersangka dengan tuduhan ujaran kebencian di media sosial.
Dia ditangkap berdasarkan laporan seorang bernama Waluyo Wasis Nugroho pada 27 November 2020. Saat ini Ustaz Maaher ditahan Bareskrim untuk 20 hari sejak penangkapan.