Prasetyo mendorong perlunya perubahan dalam sistem pilkada. Dia menyebut, sistem pilkada langsung yang diterapkan saat ini memiliki banyak sisi negatif.
“Kalau kami berpendapat, sekali lagi kami sebagai pengurus partai, salah satu pimpinan di partai, kami berpendapat memang kita harus berani. Harus berani untuk melakukan perubahan dari sistem, manakala kita mendapati bahwa sistem yang kita jalankan sekarang itu banyak juga sisi negatifnya,” ujar dia.
Dia kemudian menyinggung soal mahalnya ongkos politik. Dia mengatakan, pemerintah pusat turut mengeluarkan uang cukup besar untuk gelaran pilkada langsung. Internal Partai Gerindra pun mendorong penerapan pilkada tidak langsung lewat DPRD.
“Kalau kajian di kami internal Partai Gerindra, kami memang terus terang salah satu yang mengusulkan atau berpendapat bahwa kita berkehendak untuk mengembalikan sistem pemilihan kepala daerah itu melalui mekanisme di DPRD,” kata dia.