Situasi pro kontra itu disaksikan Ibu Tien Soeharto yang kebetulan melintasi ruang pertemuan. Ibu Tien Soeharto diam-diam mengamati dan memberi isyarat cenderung mendukung Yoga.
Namun pada akhirnya Soeharto dan dua rekan sejawatnya menolak semua usulan Jenderal Yoga. Soeharto tetap bersikukuh mencalonkan diri sebagai Presiden RI dan kembali terpilih.
Semenjak itu hubungan Yoga dengan Soeharto dan Benny Moerdani berubah dingin. Kendati demikian Soeharto tetap mempercayai Yoga dan terus mempertahankan hingga pada Juni 1989 Yoga sendiri mengajukan permohonan berhenti sebagai Kepala Bakin.
Pada akhir kariernya, Yoga Sugomo menyandang status Purnawirawan Jenderal Bintang empat. Pada masa pensiunnya ia tercatat menjadi pegawai bulanan golongan IV/e.
Apa yang dikhawatirkan Jenderal Yoga memang betul-betul terjadi. Pada 21 Mei 1998 atau 10 tahun kemudian, dalam situasi ekonomi politik yang carut marut, Presiden Soeharto dipaksa meletakkan jabatan.
Robohnya kekuasaan orde baru telah melahirkan sejarah orde reformasi. Soeharto dipaksa lengser keprabon, yakni situasi yang tidak pernah diharapkan Jenderal Yoga Sugomo.
Sebagai sedulur sinorowedi yang bersama-sama menapaki karir di Kodam Diponegoro, Yoga ingin Soeharto meletakkan jabatan pada saat masih berada di puncak kejayaan.