Yang pertama diumumkan TNI adalah berhasil menguasai Madiun. Keamanan di Madiun dan sekitarnya berhasil dikembalikan. Radio Republik Indonesia (RRI) yang sempat dikuasai PKI juga berhasil direbut kembali.
Kolonel Gatot Subroto memerintahkan semua perwira, bintara dan prajurit untuk memburu terus mereka semua yang terlibat dalam pemberontakan PKI di Madiun. Sasaran utamanya adalah wilayah Purwodadi, Pacitan, Ponorogo dan Madiun.
“Sementara itu diduga Muso melarikan diri ke Dungus, wilayah Tenggara Madiun dan Amir Sjarifuddin melarikan diri ke Pacitan”.
Muso nekat melawan saat pasukan TNI hendak meringkusnya. Sempat terjadi insiden baku tembak dan Muso terkepung di sebuah kamar mandi. Di tempat itu, Muso menolak menyerah.
Muso ditembak mati. Mayatnya dibawa ke Ponorogo untuk dipertontonkan kepada publik dan dibakar.
Sementara pelarian Amir Sjarifuddin yang mencoba meloloskan diri melalui rawa-rawa dan hutan-hutan berakhir di tangan pasukan Kemal Idris. Amir menyerah di Desa Kelambu, Purwodadi dengan kondisi mengenaskan.
Tubuh mantan Perdana Menteri dan Menteri Pertahanan Indonesia itu kurus, kepayahan dengan jalan terpincang-pincang. Amir terkena disentri. Setelah dibawa ke Yogyakarta untuk dipertontonkan ke publik, Amir Sjarifuddin kemudian ditembak mati.