“Penyakit PKI Muso harus segera dibasmi dari tubuh bangsa. Alangkah besarnya bencana yang mereka telah datangkan. Kesatuan negara telah dikhianati olehnya, nama republik mereka cemarkan di mata dunia, kerusakan material mereka adakan di mana-mana, kerusakan moral mereka lakukan dengan tidak mengindahkan peri kemanusiaan," kata Bung Karno.
Dia juga menyebut Muso dengan pemberontakan PKI Madiun yang dipimpinnya seperti mempermainkan kemerdekaan Indonesia.
“PKI Muso mempermainkan kemerdekaan dan akan menyelundupkan di dalam kemerdekaan: diktator dengan melakukan pembunuhan, menjalankan teror dan merampas kemerdekaan,” kata Bung Karno.
Soekarno juga murka kepada Amir Sjarifuddin. “Amir itu maunya apa? What will die Amir touch,” tanya Bung Karno, dan dijawab Bung Hatta, “Sekarang soalnya adalah soal hidup atau mati. Er op or er onder”.
Setelah peristiwa pemberontakan PKI di Madiun 1948, pemerintahan Soekarno melalui tentara langsung melakukan bersih-bersih. Operasi pembersihan orang-orang PKI dan mereka yang terlibat dipimpin langsung oleh Kolonel Gatot Subroto.