Setelah tenaga-tenaga dokter Belanda dievakuasi dari Kalimantan, keadaan semakin rumit karena kekurangan tenaga kesehatan. Pada Desember 1941 Pontianak sudah mulai dijatuhi bom oleh Jepang yang mengakibatkan jatuhnya korban jiwa.
Pemerintah kolonial yang semakin terdesak kemudian mengangkat Rubini sebagai perwira kesehatan cadangan dengan pangkat Letnan Dua untuk mengurusi rumah sakit militer yang ditinggalkan dokter-dokter Belanda.
Bersama dokter-dokter pribumi lainnya yang menolak dievakuasi, Rubini merawat para pasien korban pemboman Jepang.
Sekitar bulan Februari 1942, Jepang yang telah berkuasa di Indonesia membubarkan seluruh organisasi dan kegiatan politik, termasuk Parindra. Rubini tetap berprofesi sebagai dokter. Dia berpura-pura bekerja sama dengan Jepang agar kegiatan-kegiatan politik yang berjalan secara sembunyi tidak terbongkar.
Para aktivis itu kemudian mendirikan organisasi Nissinkwai yang seolah-olah mendukung Jepang. Di sisi lain Rubini mulai menerima laporan-laporan kejahatan Jepang terhadap rakyat, terutama pada kaum perempuan yang menerima kekerasan seksual.