Nahasnya, rencana aksi ini diketahui Jepang karena adanya sejumlah orang yang berkhianat sebagai mata-mata Jepang. Selain itu kegagalan aksi di Banjarmasin juga menyeret sejumlah nama di Pontianak, termasuk Rubini dan rekan-rekannya.
Mulai bulan Oktober 1943, aksi-aksi penangkapan terhadap para tokoh yang dianggap terlibat atau berbahaya bagi Jepang diciduk dan kemudian banyak yang dieksekusi di Mandor.
Koran Borneo Sinbun 1 Juli 1944 memberitakan bahwa Jepang telah mengeksekusi orang-orang yang terlibat dalam komplotan perlawanan. Sebanyak 48 di antaranya dianggap sebagai pemimpin perlawanan, termasuk Rubini dan istrinya, Amalia Rubini.
Selain itu, terdapat nama-nama seperti Sultan Syarif Muhammad Alqadri (Sultan Pontianak), Pangeran Agung, Pangeran Adipati, dokter, insinyur, guru, dan masih banyak kaum intelektual lain, termasuk sultan atau panembahan.
Pemerintah Provinsi Kalimantan Barat pada 2007 menetapkan tanggal 28 Juni sebagai Hari Berkabung Daerah untuk mengenang perjuangan tokoh-tokoh intelektual dalam perjuangan kemerdekaan Indonesia, seperti Rubini dan rekannya.