Sebelum putusan, JPU sempat melakukan upaya banding ke Pengadilan Tinggi Ambon maupun upaya kasasi, Mahkamah Agung RI. Akhirnya vonis lima tahun penjara jatuh kepada yang bersangkutan.
Dalam salinan putusan kasasi MA RI ini, terpidana juga dihukum membayar denda Rp200 juta subsider enam bulan kurungan. Selain itu juga uang pengganti sebesar Rp4 miliar subsider empat tahun kurungan.
Sebelumnya (Asintel) Kejati Maluku, Muji Murtopo berulang kali telah memberikan imbauan kepada para terpidana kasus korupsi yang berstatus DPO jaksa agar bisa menyerahkan diri secara sukarela. Dia juga mengingatkan Jusuf Rumatoras agar secara sadar dan sukarela menyerahkan diri daripada terus dikejar-kejar jaksa.