Lanjut 40 tahun setelahnya, tepatnya pada 2009, tim peneliti gabungan dari Ephorate of Underwater Antiquites Kementerian Kebudayaan Hellenic dan University of Nottingham memulai proyek lima tahun mereka ke kota tersebut. Mereka mencoba menggali lebih dalam wawasan tentang sejarah Pavlopetri melalui survei arkeologi digital bawah air.
Hasilnya peneliti menemukan bangunan baru seluas 9.000 meter persegi, termasuk aula persegi panjang besar, dan struktur yang berjajar. Mereka juga menemukan kuburan berlapis batu dan tembikar besar tempat mengawetkan mayat sebelum kremasi. Selain itu, keramik baru yang ditemukan sekaligus memastikan bahwa kota tersebut telah dihuni selama Zaman Perunggu dari sekitar 3.000 SM hingga 1100 SM
Sayangnya penyebab tenggelamnya kota ini masih belum diketahui. Namun ada yang menduga itu terjadi karena gempa bumi antara 1000 SM atau 375 Masehi.