Anggota dewan pengawas Danantara diangkat dan diberhentikan oleh presiden. Mereka diangkat selama masa jabatan lima tahun dan dapat diangkat kembali untuk satu kali masa jabatan berikutnya.
Dewan pengawas memiliki tugas melaksanakan pengawasan atas penyelenggaraan badan yang dilakukan oleh badan pelaksana.
Sementara itu, badan pelaksana berasal dari unsur profesional dan salah satu anggotanya diangkat menjadi kepala. Seluruh anggota badan pelaksana diangkat dan diberhentikan oleh presiden.
Masa jabatan anggota badan pelaksana adalah lima tahun dan dapat diangkat kembali hanya untuk satu kali masa jabatan berikutnya.
Badan pelaksana bertugas menyelenggarakan pengurusan operasional badan, merumuskan dan menetapkan kebijakan badan, melaksanakan kebijakan dan pengurusan operasional badan, menyusun dan mengusulkan remunerasi dari dewan pengawas dan badan pelaksana kepada dewan pengawas.