Setelah itu dia sempat mencalonkan diri sebagai presiden pada 2009, namun gagal menang. Ghani lalu bergabung dengan beberapa politisi kenamaan Afghanistan, termasuk panglima perang Abdul Rashid Dostum, dan memenangkan jabatan presiden 5 tahun kemudian.
Ada beberapa pernyataannya yang menjadi blunder semasa menjabat presiden. Salah satunya dia mengatakan pasukan keamanan Afghanistan akan mengalahkan Taliban sehingga pasukan koalisi yang dipimpin AS bisa meninggalkan negaranya pada 2021.
Analisis bahwa pasukan koalisi keluar tahun ini memang tepat, tapi alasannya bukan karena Taliban berhasil dikalahkan, justru sebaliknya.
Selain itu, pada awal Agustus saat Taliban mulai merebut kota demi kota, Ghani mengatakan tak ingin bernasib sama dengan mantan Raja Amanullah Khan yang turun takhta lalu melarikan diri ke India pada 1929.
"Saya tidak akan lari. Saya tidak akan mencari tempat aman dan saya akan mengabdi untuk rakyat," ujarnya, di sebuah acara di Kabul.
Namun ketika Taliban masuk Kabul, Ghani kabur yang mengundang kecaman dari dalam maupun luar negeri. Dia pun semakin terisolasi.