Pangeran Mohammed bin Salman mengatakan kepada wartawan Bloomberg bahwa Khashoggi meninggalkan konsulat "sesudah beberapa menit atau satu jam" sesudah kunjungan.
Namun pada 20 Oktober, terjadi perubahan.
Stasiun televisi pemerintah melaporkan Khashoggi dibunuh dalam "operasi liar" atas perintah petugas intelejen.
Pada 15 November, kejaksaan Arab Saudi menyatakan Khashoggi disuntik dan tubuhnya dimutilasi di dalam konsulat sesudah dibunuh, lalu diserahkan ke "kolaborator" setempat di luar konsulat.
Arab Saudi lalu menahan 21 orang dan memecat dua orang pejabat senior Deputi Ketua Intelejen Ahmad al-Assiri dan penasehat senior Saud al-Qahtani.
Raja Salman juga memerintahkan perombakan badan intelejen menjadi di bawah Pangeran Mohammed bin Salman.