Dengan kemenangan ini, pria 67 tahun itu akan memimpin pemerintahan minoritas karena tak satu pun kubu meraih suara mayoritas di parlemen.
Ishiba diperkirakan akan mengumumkan kabinet baru hari ini juga.
Pemungutan suara untuk menentukan perdana menteri baru ini digelar setelah Jepang mengadakan pemilihan umum dadakan pada 27 Oktober. Hasilnya mengejutkan, tidak ada partai yang memperoleh mayoritas di majelis rendah yang beranggotakan 465 orang.
LDP dan Komeito kehilangan mayoritas di parlemen, sementara kubu oposisi CDPJ mendapat suara besar meski kursi yang dikumpulkan belum cukup untuk membentuk pemerintahan.