Saat kuliah pada 1983, Haniyeh bergabung dengan Islamic Student Bloc, pendahulu Hamas.
Saat dia lulus dari kampus Universitas Islam Gaza pada 1987, meletuslah pemberontakan massal rakyat Palestina melawan pendudukan Israel. Peristiwa itu dikenal sebagai Intifadah Pertama, yang kemudian disusul dengan berdirinya Hamas sebagai organisasi resmi.
Otoritas Israel pernah memenjarakan Haniyeh selama 18 hari ketika dia berpartisipasi dalam protes menentang pendudukan zionis. Setahun kemudian, pada 1988, dia dipenjarakan lagi selama enam bulan dan menghabiskan tiga tahun lagi di dalam bui pada 1989 atas tuduhan bahwa dia adalah anggota Hamas.
Setelah dibebaskan, Israel mendeportasi Haniyeh ke Lebanon Selatan bersama dengan para pemimpin senior Hamas lainnya. Dia menghabiskan waktu di Lebanon selama satu tahun. Setelah penandatanganan Perjanjian Oslo antara Israel dan Organisasi Pembebasan Palestina (PLO), dia pun pulang ke Gaza.
Sekembalinya ke kota itu, Haniyeh menjadi asisten dekat dan asisten salah satu pendiri Hamas, almarhum Syekh Ahmad Yassin, pada 1997.