Penggunaan mekanisme koneksitas dalam penyelidikan, penyidikan dan penuntutan tindak pidana korupsi sebenarnya bukan hal yang baru sepenuhnya. Pada tahun 2002, sebelum berdirinya lembaga antirasuah dan Pengadilan Khusus Tindak Pidana Korupsi, telah ada Putusan Mahkamah Agung yakni Putusan Nomor 35 K/Pid/2002 yang memutus mengenai keabsahan tim penyidik koneksitas dalam perkara dugaan tindak pidana korupsi yang diduga dilakukan oleh mantan Menteri Pertambangan ketika itu dan perkaranya telah dihentikan pada Oktober tahun 2004.
Dalam Putusan Nomor 35 K/Pid/2002, Majelis Hakim Agung telah menjawab pertanyaan mengenai siapa yang berwenang mengkoordinasikan dan memimpin penyelidikan, penyidikan, dan penuntutan seorang anggota militer yang secara bersama-sama dengan orang sipil diduga melakukan tindak pidana korupsi. Majelis Hakim Agung dalam perkara tersebut menyatakan bahwa Tim Penyidik Koneksitas yang terdiri dari penyidik sipil dan penyidik militer yang dipimpin oleh Jaksa Agung adalah sah menurut hukum dan karena itu berhak melakukan penyelidikan, penyidikan, dan penahanan.
Penggunaan Mekanisme Koneksitas Pasca-Undang-undang Tindak Pidana Korupsi
Publik menantikan apa yang selanjutnya akan terjadi dalam perkara dugaan tindak pidana korupsi untuk suap pengadaan alat bencana yang diduga melibatkan dua orang anggota TNI aktif dan tiga orang sipil.
Selain pasal-pasal aturan hukum yang telah disebutkan oleh Wakil Ketua KPK dan Kababinkum TNI dalam konferensi pers masing-masing yang dilakukan secara terpisah, maka Putusan Nomor 35 K/Pid/2002 dapat dijadikan referensi sebagai solusi atas apa yang dianggap adanya tumpang tindih wewenang melakukan penyelidikan, penyidikan, dan penuntutan. Pembentukan tim koneksitas yang terdiri dari penyidik KPK, penyidik TNI, dan dipimpin oleh Jaksa Agung dapat dipertimbangkan sebagai jalan tengah penyelesaian tumpang tindih pelaksanaan wewenang penyelidikan, penyidikan, dan penuntutan terhadap anggota TNI yang diduga melakukan tindak pidana korupsi bersama-sama dengan sipil.
Pembentukan tim koneksitas tersebut selaras juga dengan Putusan Mahkamah Konstitusi Nomor 28/PUU-V/2007 Jo. Nomor 16/PUU-X/2012 mengenai diferensiasi fungsi/wewenang aparat penegak hukum (kejaksaan dengan kepolisian) yang oleh Majelis Hakim Konstitusi telah ditegaskan bahwa kejaksaan juga secara sah memiliki kewenangan untuk melakukan penyidikan dan juga penuntutan.