Di luar dunia akademik, Irwandi dikenal sebagai sosok yang membidani lahirnya lembaga swadaya Fauna dan Flora Internasional pada 1999–2001. Tak hanya itu, dia juga dikenal sebagai anggota Gerakan Aceh Merdeka GAM).
Di GAM, dia bahkan dipercaya menduduki posisi Staf Khusus Komando Pusat Tentara GAM dari tahun 1998-2001. Sepak terjangnya itu yang membuat dia berurusan dengan aparat keamanan Indonesia.
Pada 23 Mei 2003, dia ditangkap aparat Polda Metro Jaya di Jalan Otista III nomor 4 RT 08/05 Kelurahan Cipinang Cempedak JakartaTimur. Dalam persidangan, dia divonis 7 tahun penjara.
Pilkada Aceh
Ketika Aceh menyelenggarakan pemilihan kepala daerah (pilkada) pada 2006, Irwandi memutuskan maju dari jalur independen dengan menggandeng Muhammad Nazar.
Irwandi pun mengukir sejarah baru sebagai pentolan GAM yang berhasil memenangi pilkada. Mereka meraup 768.745 suara (38,20). Irwandi-Nazar dilantik pada 8 Februari 2007 oleh Menteri Dalam Negeri Mohammad Maruf di hadapan 67 anggota DPR Aceh. Pasangan gubernur dan wakil gubernur ini menjabat untuk periode 2007-2012.