FIR di Kepulauan Riau dikelola Singapura sejak 1946 ketika Konvensi ICAO di Dublin, Irlandia. Kala itu, Singapura yang masih dikuasai Inggris dianggap lebih mampu mengelola FIR dibanding Indonesia yang baru saja merdeka.
Seiring perkembangan waktu, FIR di Kepri dikelola tak hanya oleh Singapura, tetapi juga Malaysia. Singapura memegang kendali sektor A dan C, sedangkan Malaysia mengendalikan sektor B.
Pada 1995 dilakukan perjanjian antara kedua negara yang telah merdeka, di mana kesepakatan pengelolaan FIR di Kepri tetap dikelola pihak Singapura. Kini, sesuai yang diamanatkan Undang-undang Nomor 1 Tahun 2009 tentang Penerbangan pada pasal 458, disebutkan pelayanan navigasi penerbangan di wilayah udara RI yang didelegasikan negara lain melalui perjanjian, harus dievaluasi dan dilayani lembaga navigasi penerbangan Indonesia paling lambat 15 tahun sejak diundangkan atau pada 2024.