Irvanto ditetapkan sebagai tersangka kasus korupsi proyek e-KTP pada Rabu, 28 Februari 2018 setelah diduga kuat tahu proses pengadaan proyek e-KTP sejak awal dan beberapa kali ikut pertemuan di ruko Fatmawati bersama tim penyedia barang proyek bernilai Rp5,9 triliun itu.
Irvanto juga diduga mengetahui ada permintaan "fee" sebesar lima persen untuk mempermudah proses pengurusan anggaran e-KTP. Pada periode 19 Januari-19 Februari 2012 dia ditengarai menerima USD3,4 juta yang diperuntukkan kepada Novanto. Uang diterima secara berlapis dan melewati sejumlah negara.
Atas perbuatannya, KPK menersangkakan dengan pelanggaran pasal 2 ayat (1) atau pasal 3 UU No 31 Tahun 1999 sebagaimana telah diubah dengan UU No 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Korupsi jo pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP.