Brandes meneliti beberapa versi Pararaton dari berbagai keropak lontar. Di antaranya Keropak Nomor 377: Terdiri atas 17 lempir dengan panjang lontar 52 cm. Keropak Nomor 550, memuat 47 lempir dengan panjang lontar 47 cm. Kolofonnya memuat angka tahun Śaka 1535 atau 3 Agustus 1613 Masehi.
Keropak Nomor 600: Berisi 58 lempir dengan panjang lontar 50 cm, terdiri atas tiga baris tulisan per lempir. Bertanggal Śaka 1522 atau 1600 Masehi.
Penelitian terhadap Pararaton selesai pada 1893. Brandes berencana menerbitkan hasil riset tersebut secara utuh. Setahun kemudian, pada 1894, Brandes bergabung dalam ekspedisi militer ke Lombok. Di Puri Cakranagara, dia menemukan lontar Nagarakretagama yang ternyata sangat kaya informasi tentang Dinasti Rajasa dan kejayaan Majapahit.
Namun, karena penelitiannya terhadap Pararaton telah rampung, dia memilih untuk tidak merevisi karya yang telah siap terbit.