Kedua, dikarenakan persoalan mendasar Ma’had Al-Zaytun terletak pada kepemimpinannya, diharapkan pimpinan harian MUI dapat mengambil inisiatif dan langkah-langkah konkrit untuk membenahi kepemimpinan di Ma’had Al-Zaytun.
Ketiga, pimpinan harian MUI agar mengambil keputusan yang sangat bijak dan arif menyelamatkan lembaga Al Zaytun dengan berdasarkan pada prinsip kemashlahatan umat.
"Jadi apa yang ditemukan dan diduga kuat oleh tim MUI tahun 2002 terutama menyangkut masalah aset dan keuangan Al-Zaytun yang bermasalah, sekarang secara empirik dan material menurut Menko Polhukam sudah ada bukti-bukti material dan fisik yang mendukung temuan-temuan dari tim MUI tersebut," ujarnya.