Mudzakkir juga mengkritik sistem hukum pidana nasional yang dinilai belum sepenuhnya terintegrasi. Menurutnya, seluruh perkara pidana harus mengacu pada KUHAP sebagai hukum acara pidana yang bersifat umum.
"Solusinya sederhana, semua perkara pidana harus mengikuti KUHAP. Titik. Semua norma hukum acara pidana harus mengacu pada KUHAP," tandasnya.
Dalam praktiknya, jaksa masih mengajukan kasasi atas sejumlah putusan bebas. Beberapa di antaranya adalah perkara Delpedro Marhaen dkk yang diputus bebas Pengadilan Negeri (PN) Jakarta Pusat pada 2026, perkara dugaan korupsi PT Sritex yang melibatkan delapan bankir dan diputus bebas Pengadilan Tipikor Semarang, serta perkara dugaan obstruction of justice dengan terdakwa Junaedi Saibih, Tian Bahtiar, dan Ahmad Mudzaki yang diputus bebas Pengadilan Tipikor Jakarta Pusat.
Kasus terbaru adalah pengajuan kasasi terhadap putusan bebas dr Ratna Setia Asih. Dalam perkara Nomor 295/Pid.Sus/2025/PN Pgp, Majelis Hakim Pengadilan Negeri Pangkalpinang pada 20 Juli 2026 menyatakan Ratna tidak terbukti secara sah dan meyakinkan melakukan tindak pidana sebagaimana didakwakan berdasarkan Pasal 440 ayat (2) Undang-Undang Nomor 17 Tahun 2023 tentang Kesehatan.