Dia antara lain pernah menjabat sebagai Pamen Bareskrim Polri, Kapolres Ketapang, Kasubdit III Dittipidkor Bareskrim Polri, Kapolresta Barelang, dan Direskrimum Polda DIY.
Karier Karyoto juga diwarnai dengan penugasan di Badan Narkotika Nasional (BNN). Pada 2016 dia menjabat sebagai Direktur Analis Pemutus Jaringan Internasional BNN. Setelah itu dia dimutasi sebagai Analis Utama Kebijakan Utama bidang Pidkor Bareskrim Polri pada 2018.
Kariernya kembali moncer saat dipercaya sebagai Wakapolda Sulawesi Utara pada 2018 dan kemudian menjabat Wakapolda DIY pada 2019.
Berdasarkan Telegram Kapolri, pelantikan sebagai Deputi Penindakan KPK akan dilaksanakan pada Selasa (14/4/2020) pukul 08.00 WIB di Gedung Merat Putih KPK, Jakarta.