Amirsyah akan dibantu 14 wasekjen. Beberapa di antaranya merupakan figur lama alias wasekjen pada periode lalu, seperti Rofiqul Umam Ahmad dan Valina Singka Subekti.
Ada pula pengurus sebelumnya yang kali ini dirotasi sebagai wasekjen, antara lain Ikhsan Abdullah (pernah menjabat wakil ketua komisi hukum dan perundang-undangan).
Dalam daftar wasekjen, terdapat pula Habib Ali Hasan Bahar. Habib Ali merupakan mubaligh yang juga dosen tetap di program studi Bahasa dan Sastra Arab UIN Syarif Hidayatullah Jakarta. Habib Ali Hasan aktif berdakwah dalam kajian islam berbagai masjid antara lain Masjid Sunda Kelapa, Masjid Bayt Quran, dan Masjid Jendral Sudirman WTC Jakarta.
Berikut daftar Sekjen dan Wasekjen MUI 2020-2025:
Sekjen
Amirsyah Tambunan
Wasekjen:
1. Fahrur Rozi.
2. Abdul Ghani.
3. Habib Ali Hasan Bahar.
4. Rofiqul Umam Ahmad.
5. Azrul Tanjung.
6. Asrori S Karul.
7. Ikhsan Abdullah.
8. Arif Fakhrudin.
9. M Ziyad.
10. Isfah Abdul Azis.
11. Badriyah Fayumi.
12. Pasni Rusli.
13. Abdul Ghofar Rozin.
14. Valina Singka.