Nama Wahono Saputro ikut terseret dalam kasus ketidakwajaran harta kekayaan mantan Pejabat Direktorat Jenderal Pajak (DJP) Kementerian Keuangan (Kemenkeu), Rafael Alun Trisambodo (RAT). Sebab, istri Wahono terdeteksi mempunyai saham di perusahaan yang sama dengan istri Rafael Alun.
Berdasarkan hasil penelurusan dari laman e-lhkpn, Wahono Saputro memiliki harta kekayaan sebesar Rp14.312.289.438 (Rp14,3 miliar). Harta tersebut meliputi aset tanah dan bangunan senilai Rp12,68 miliar yang terdiri atas 10 bidang tanah berlokasi di Jakarta Selatan hingga Kulon Progo, Yogyakarta.
Wahono juga tercatat memiliki aset berupa alat transportasi senilai total Rp930 juta dengan rincian, mobil Honda CRV dan HRV dengan nilai Rp330 juta, serta Toyota Camry tahun 2020 dengan nilai Rp600 juta.
Tak hanya itu, Wahono juga tercatat memiliki harta bergerak lainnya senilai Rp252 juta, surat berharga Rp88 juta, dan kas atau setara kas sebesar Rp1,67 miliar. Kendati demikian, ia ternyata juga memiliki utang senilai Rp1,51 miliar.