Yahya Waloni ditangkap oleh penyidik Bareskim Polri di kediamannya yang berlokasi di Perumahan Permata Cluster Dragon, Cileungsi, Kabupaten Bogor, Jawa Barat pada 26 Agustus 2021. Dia ditangkap atas kasus ujaran kebencian dan penodaan agama yang dilayangkan oleh Komunitas Masyarakat Cinta Pluralisme pada 27 Apri 2021 lalu.
Dia dijerat dengan Pasal 28 Ayat 2 juncto Pasal 45A Ayat 2 Undang-Undang Nomor 19 Tahun 2016 tentang Informasi dan Transaksi Elektronik (ITE) dan atau Pasal 156a KUHP tentang penodaan agama.