Baru pada 1967, UGJ memiliki kampus tetap, yaitu, bekas SMA Garuda (kini SMA Negeri 2 Cirebon), sebuah sekolah di bawah naungan BAPERKI yang diambil alih oleh pemerintah karena terlibat G30 S PKI.
Saat baru berdiri, UGJ hanya mempunyai dua fakultas, yaitu Fakultas Hukum dan Fakultas Ekonomi, dengan jumlah mahasiswa sekitar 300 orang. Kemudian pada 1979, IKIP PGRI Ciwaringin Cirebon bergabung dalam lingkungan UGJ menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP).
Dalam perkembangannya, pada 1983 didirikan tiga fakultas baru, yaitu, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP), Fakultas Pertanian, dan Fakultas Teknik. Pada 2001 UGJ membuka dua program pascasarjana (S2), yaitu Magister Ilmu Administrasi, dan Magister Ilmu Pertanian.
Kemudian pada 2004, UGJ mendapat izin menyelenggarakan Program Studi Ilmu Komunikasi jenjang sarjana (S1) dan 2005, UGJ menyelenggarakan program pascasarjana (S2) Program Studi Ilmu Hukum dengan konsentrasi Hukum Bisnis dan Otonomi Daerah dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional. Pada 2008 UGJ resmi mendirikan Fakultas Kedokteran.
2. IAIN Syekh Nurjati Cirebon
Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Syekh Nurjati Cirebon berlokasi di Jalan Perjuangan, Sunyaragi, Kecamatan Kesambi, Kota Cirebon. Sejarah IAIN Syekh Nurjati Cirebon tidak dapat dipisahkan dari perjuangan umat Islam di Cirebon.