Dalam perkembangan berikutnya, IAIN Cirebon sempat membuka Fakultas Ushuluddin yang diresmikan pada 1967. Namun, karena kebijakan pemerintah menghendaki rasionalisasi, maka pada 1974 fakultas tersebut ditutup kembali.
Kemudian sejalan dengan kebijakan itu pula, pada 15 Maret 1976, Fakultas Tarbiyah IAIN Cirebon dialihkan pembinaannya ke IAIN Sunan Gunung Djati Bandung (kini UIN Sunan Gunung Djat/UIN SGD Bandung).
Sampai akhirnya beralih status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Cirebon pada 1997 sesuai Keputusan Presiden Nomor: 11/1997 tanggal 21 Maret 1997.
Pada 2009 melalui Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 48 Tahun 2009 tanggal 10 November 2009 Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Cirebon berubah status menjadi IAIN Syekh Nurjati Cirebon sampai sekarang. Saat ini, IAIN Syekh Nurjati Cirebon dipimpin oleh Rektor Dr H Sumanta MAg.
3. Universitas 17 Agustus (Untag) Cirebon
Universitas 17 Agustus 1945 (Untag) Cirebon berlokasi di Jalan Perjuangan Nomor 17, Karyamulya, Kecamatan Kesambi, Kota Cirebon. Untag Cirebon didirikan pada 2 September 1962, sebagai Cabang Untag Jakarta.