Situasi sosial politik Indonesia pada awal 1960-an yang diwarnai oleh berkembangnya paham komunis, mendorong umat Islam untuk menjadikan lembaga pendidikan sebagai salah satu medan perjuangan.
Kehadiran perguruan tinggi Islam menjadi tuntutan objektif karena banyak lulusan sekolah-sekolah Islam, seperti madrasah dan pesantren setingkat sekolah menengah atas yang ingin melanjutkan studi ke perguruan tinggi Islam.
Dilandasi semangat untuk mencetak sarjana muslim pejuang, maka pada awal 1960-an, para aktivis muslim yang tergabung dalam Forum Islamic Study Club (ISC) Cirebon mendirikan Lembaga Pendidikan Islam Tingkat Tinggi yang kemudian diberi nama Universitas Islam Syarif Hidayatullah (Unisha) di bawah binaan Yayasan Pendidikan Tinggi Islam Syarif Hidayatullah.
Pada 12 Agustus 1965, salah satu dari tiga Fakultas di lingkungan Unisha, yaitu fakultas Agama, dinegerikan dan diresmikan menjadi Fakultas Tarbiyah IAIN Al-Jami’ah Syarif Hidayatullah Jakarta Cabang Cirebon.
Sedangkan dua fakultas lainnya yakni Fakultas Hukum dan Fakultas Ekonomi menjadi cabang dari Universitas Islam Indonesia (UII) Yogyakarta. Atas dasar itulah maka 12 Agustus 1965 dijadikan sebagai hari jadi IAIN Cirebon.