Pendirian Untag Cirebon tidak terlepas dari perjuangan tokoh-tokoh yang semula mendirikan Akademi Pimpinan Perusahaan (APP) Cirebon pada 1961 yang dipimpin oleh D Usman Imam sebagai Direktur APP Cirebon yang merupakan cabang APP Bandung.
Namun akhirnya APP Cirebon tidak dapat melanjutkan eksistensinya. Mahasiswa yang jumlahnya 104 orang mengirim wakil ke Jakarta untuk bertemu dengan Prof Dr Prajudi Atmosudirdjo yang saat itu menjadi Rektor Magnificus.
Atas saran Prof Dr Prajudi Atmosudirdjo diizinkan untuk membentuk Untag Cabang Cirebon yang dilengkapi dengan susunan pimpinan yayasan dan universitas.
Atas usaha Tikok Moch Ichlas, mantan Bupati Indramayu, berdirilah Yayasan Sunan Kalijaga sebagai Pengelola Untag Cirebon dan sebagai Sekretarisnya Bapak Waluyo yang saat itu menjabat sebagai Sekretaris Daerah Kota Praja Cirebon.
Direktur Fakultas Ketatanegaraan dan Ketataniagaan adalah Drs R Machfudz, yang saat itu menjabat Wedana Palimanan. Pada 1965 telah diadakan ujian negara dan menghasilkan 13 sarjana lengkap jurusan Administrasi Niaga.