Kebakaran puluhan kapal nelayan tersebut pertama kali terjadi pada salah satu kapal yang sedang bersandar di Dermaga Batre pada hari Selasa (3/5), pukul 17.10 WIB, yang diawali dengan ledakan dari kapal tersebut.
Tidak lama kemudian, kobaran api merambat ke kapal-kapal lain yang sedang bersandar di Dermaga Batre. Bahkan, kebakaran meluas hingga Dermaga Wijayapura (tempat penyeberangan khusus menuju lembaga pemasyarakatan di Pulau Nusakambangan) yang letaknya berdekatan dengan Dermaga Batere.
Akibat kejadian tersebut, seorang ABK mengalami luka bakar hingga 25 persen khususnya di wajah, leher, lengan bawah sebelah kanan dan kiri, serta punggung tungkai kanan dan kiri, sehingga harus menjalani perawatan di RSUD Cilacap.
Korban atas nama Yatiman (44), warga Jalan Logawa Nomor 45 RT 02 RW 03, Kelurahan Donan, Kecamatan Cilacap Tengah, Kabupaten Cilacap, diketahui terkena ledakan mesin saat bekerja di atas kapal.
Berdasarkan pendataan yang dilakukan Kementerian Kelautan dan Perikanan, jumlah kapal yang terbakar mencapai 54 unit termasuk sebuah kapal tunda (tugboat) milik Pelindo, dengan total kerugian akibat kebakaran mencapai Rp162 miliar.