Sementara untuk tindak lanjut ribuan santri yang hingga kini masih tinggal di pondok pesantren, pihaknya mengimbau untuk ditarik pulang. Kanwil Kemenang Jatim kata As'adul akan berkoordinasi dengan orang tua santri, apakah dipulangkan atau dipindahkan ke pesantren lain yang lebih baik.
Diketahui, Pondok Pesantren Shiddiqiyyah menjalankan lembaga pendidikan formal dan nonformal sebagaimana pesantren pada umumnya. Para murid kebanyakan merupakan santri yang menetap di asrama.
Selain itu, Pengasuh Pesantren Shiddiqiyyah, juga memiliki jemaah tarekat yang kebanyakan tidak menetap. Tarekat tersebut bernama Tarekat Shiddiqiyyah dengan Kiai MM sebagai mursyidnya.