Berikutnya, hadir lembaga Operasi Tertib (Obstip) yang tak bertahan lama. Upaya pemberantasan korupsi di masa Orde Baru lebih banyak sebatas simbolik. Justru praktik korupsi, kolusi, dan nepotisme (KKN) semakin membudaya, hingga akhirnya memicu gerakan reformasi 1998 dan kejatuhan Soeharto.
Di masa Presiden B.J. Habibie, lahirlah UU No. 28 Tahun 1999 tentang Penyelenggara Negara yang Bersih dan Bebas KKN serta UU No. 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi. Habibie juga membentuk Komisi Pemeriksa Kekayaan Penyelenggara Negara (KPKPN).
Presiden Abdurrahman Wahid (Gus Dur) melanjutkan pembentukan KPKPN dan membentuk Tim Gabungan Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi (TGPTPK) di bawah Kejaksaan Agung. Namun, TGPTPK dibubarkan pada 2000 setelah kalah dalam judicial review di Mahkamah Agung.
Tonggak penting terjadi di masa Presiden Megawati Soekarnoputri yang mengesahkan UU No. 30 Tahun 2002 tentang Komisi Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi (KPK). Lembaga ini resmi berdiri tahun 2003, dengan Irjen (Purn) Taufiequrachman Ruki sebagai ketua pertamanya.
Di masa Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY), KPK semakin dikenal. Hampir tiap minggu KPK mengumumkan penangkapan koruptor, mulai dari menteri, gubernur, hingga tokoh partai. Bahkan Aulia Pohan, besan Presiden SBY, ikut terseret dalam kasus penggelapan dana Yayasan Pengembangan Perbankan Indonesia senilai Rp100 miliar.