Dia sempat mendukung muktamar PKB di Ancol tahun 2008 yang menempatkan Muhaimin Iskandar sebagai Ketua Umum PKB. Namun, pada 2008, Lily Wahid diberhentikan sebagai anggota DPR dan dari PKB.
Sekjen PKB Imam Nahrawi saat itu mengungkapkan, alasan pemecatan Lily Wahid karena dianggap membangkang atau tidak mengindahkan perintah partai.
Lily Wahid sempat menggugat pemecatannya, namun kasasinya ditolak hakim. Lily Wahid kemudian pindah ke Partai Hanura pada 2013.