Berikut ketentuan-ketentuan yang diatur dalam keputusan bersama tiga menteri:
1. Keputusan bersama ini mengatur secara spesifik sekolah negeri yg diselenggarakan oleh Pemda.
2. Peserta didik dan tenaga kependidikan berhak memilih antara
a. Seragam dan atribut tanpa kekhususan agama, atau
b. Seragam dengan kekhususan agama
3. Pemda dan sekolah tidak boleh mewajibkan ataupun melarang seragam dan atribut dengan kekhususan agama
4. Pemda dan kepala sekolah wajib mencabut aturan yang mewajibkan atau melarang seragam dan atribut kekhususan paling lambat 30 hari sejak keputusan bersama ditetapkan
5. Jika terjadi pelanggaran terhadap keputusan bersama ini maka akan diberikan sanksi kepada pihak yang melanggar
a. Pemda memberikan sanksi kepada sekolah, pendidik dan atau tenaga kependidikan
b. Gubernur memberikan sanksi kepada bupati/walikota
c. Kemendikbud memberikan sanksi kepada sekolah terkait BOS dan bantuan pemerintah lainnya
Tindaklanjut atas pelanggaran akan dilaksanakan sesuai dengan mekanisme yang berlaku. Sementara itu Kementerian Agama melakukan pendampingan praktik agama yang moderat dan dapat memberikan pertimbangan untuk pemberian dan penghentian sanksi
6. Peserta didik, pendidik dan tenaga kependidikan beragama Islam di Provinsi Aceh dikecualikan dari Keputusan bersama ini sesuai dengan kekhususan Aceh berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.