Bangunan PLBN Motaain meliputi zona inti yang terdiri dari bangunan utama PLBN, gedung pemeriksaan kendaraan dan power house. Bangunan PLBN terdiri dari zona inti yang terdiri dari gedung utama PLBN, gedung pemeriksaan terpadu, pelataran pemeriksaan, bangunan klinik, car wash, jembatan timbang, gudang sita, bangunan kennel, bangunan utilitas, pos pemeriksaan imigrasi, gerbang tasbara, monumen Garuda, Pos Pamtas TNI, dan infrastruktur kawasan.
Sementara Kasubid Pengembangan Kawasan PLBN Motaain Reynold Uran mengatakan, tahap kedua pembangunan bakal rampung pada Maret 2019. Pembangunan tahap II ini dibutuhkan dana APBN senilai Rp228 miliar.
"Ampi theater, pasar tradisional, taman terbuka, ruang pentas, wisma, sudah 80 persen selesai. Kalau mengikuti target sesuai kontrak Maret 2019 (selesai)," ujarnya.
PLBN yang menjadi jalur pelintas teramai ini, bagi masyarakat Atambua memberikan pengaruh besar. Selain banyak mendatangkan para wistawan mancanegara maupun domestik, juga bisa mempekerjakan warga sekitar.
"Dengan adanya PLBN, membawa dampak baik yang positif terhadap masyarakat dengan menyerap tenaga kerja. Ada yang menjadi tenaga portir (membantu bawa tas barang pelintas), terus mereka kita kasih seragam khusus," kata dia.