Hanya empat bulan kemudian, Mubarak yang sedang sakit diperintahkan menghadiri pengadilan. Sembari berbaring di tempat tidur rumah sakit, dia menghadapi tuduhan korupsi dan pembunuhan yang direncakanan terhadap para demonstran.
Tim pembelanya menyatakan dia secara resmi masih presiden Mesir sehingga tidak bisa diadili.
Pada Juni 2012, Mubarak dihukum seumur hidup karena gagal menghalangi pembunuhan terhadap demonstran, tetapi dia bebas dari tuduhan lain. Putusan ini memicu serangkaian protes di jalan-jalan di Kairo.
Hukumannya dibatalkan enam bulan kemudian dan diperintahkan pengadilan ulang. Dia dijadikan tahanan rumah di dalam rumah sakit militer di Kairo.
Dalam ragkaian putusan pengadilan, Mubarak dinyatakan tak bersalah untuk tuduhan korupsi, tetapi bersalah untuk penggelapan.