Telah tersedia beberapa jenis aplikasi e-faktur pajak yang dapat dimanfaatkan oleh wajib pajak serta PKP, semuanya dapat dipilih sesuai dengan kebutuhan dan kemudahan yang diperlukan oleh wajib pajak.
PKP dapat menggunakan aplikasi e-faktur yang telah disediakan oleh Dirjen Pajak yang harus di-download serta diinstal terlebih dahulu pada perangkat yang akan menggunakannya.
Juga memiliki fitur e-faktur yang tersedia secara gratis dalam bentuk aplikasi yang harus diunduh. Tetapi juga ada yang berbasis cloud. Kelebihannya, wajib pajak dapat membuat berbagai macam faktur pajak, SPT, dan PPN dalam satu aplikasi, sehingga wajib pajak tidak membutuhkan platform yang lainnya.
Ketiga merupakan sebuah fitur e-faktur web berbasis cloud, yaitu e-faktur host-to-host yang dapat terakses secara luas oleh seluruh wajib pajak dari manapun. Keuntungannya, tidak perlu menginstal aplikasinya terlebih dahulu karena pada umumnya disediakan oleh PJ ap dan sudah terhubung dengan sistem ERP wajib pajak.
Cara kerjanya adalah ketika wajib pajak membuat invoice pada sistem ERP tersebut, maka secara otomatis faktur pajak akan langsung terbuat pada sistem e-faktur host to host yang memang dirancang oleh PJAP.